W latach 1991-2000 Fundacja FAPA administrowała i koordynowała wdrażanie Programów Phare w ramach Memorandów Finansowych (MF) 91, 92, 93, 95, 96 i 97 dla sektora rolnego. Fundacja FAPA pełniła funkcję Jednostki Wdrażającej Projekty (Project Management Unit), działając na rzecz Ministerstwa Rolnictwa i Rozwoju Wsi (MRiRW)we współpracy z Urzędem Komitetu Integracji Europejskiej i Przedstawicielstwem Komisji Europejskiej w Polsce. Zostało wdrożonych kilkaset projektów na łączną kwotę ponad 90 mln ECU.

Realizowane projekty dotyczyły zarówno zakupów sprzętu komputerowego, laboratoryjnego jak i pomocy technicznej polegającej m.in. na szkoleniu pracowników (np. szkolenia dla lekarzy weterynarii pracujących na przejściach granicznych, szkolenia dla inspektorów Centralnego Inspektoratu Standaryzacji, szkolenia dla pracowników Ośrodków Doradztwa Rolniczego, szkolenia dla producentów, przetwórców, doradców rolnych i przedstawicieli służb kontrolujących w zakresie europejskich standardów zdrowotności jakości żywności) oraz na upowszechnianiu informacji i wiedzy z zakresu polityki państwa wobec wielofunkcyjnego rozwoju wsi i integracji polskiego rolnictwa z Unią Europejską. Pracownicy Fundacji FAPA koordynowali wdrażanie projektów na wszystkich kolejnych etapach procesu realizacji przedsięwzięć, tj. od identyfikacji problemu, poprzez przygotowanie Zakresu Zadań i Obowiązków dla zatwierdzonych do realizacji projektów, przeprowadzanie procedur przetargowych, a następnie kontrolę i monitorowanie postępów w realizacji projektów przez kontraktora. Projekty odnoszące się do obszaru poszczególnych regionów, Fundacja FAPA realizowała poprzez istniejące wówczas ośrodki regionalne zlokalizowane w Koszalinie, Suwałkach, Bydgoszczy, Kielcach, Nowym Sączu, Rzeszowie i Zielonej Górze.

Środki Programu Phare (w mln ECU) przyznane dla sektora rolnego: 

Od roku 1998 nastąpił nowy etap Programu Phare na rzecz wsi i rolnictwa związany z kolejnym przyspieszeniem procesów integracyjnych Polski z Unią Europejską. Reorientacja Programu, począwszy od Phare 98, koncentrowała się na wspieraniu przystosowania do „acquis communautaire” w drodze wdrażania projektów „bliźniaczych” polegających na przekazywaniu unijnego „know-how” przez ekspertów z krajów członkowskich UE delegowanych do tych instytucji, które po akcesji miały uczestniczyć we wdrażaniu Wspólnej Polityki Rolnej i w administrowaniu środkami Funduszy Strukturalnych. Reorientacja Programu Phare wprowadziła też zmiany w krajowych strukturach wdrożeniowych pomocy zagranicznej, m.in. utworzono Centralną Jednostkę Finansująco-Kontraktującą.

Od 2002 roku Fundacja FAPA realizowała kompleksowe zadania wsparcia formalno-proceduralnego Ministerstwa Rolnictwa i Rozwoju Wsi w realizacji programów Phare w ramach MF 2000, 2001, 2002, 2003 oraz Transition Facility na lata 2004-2006 dla sektora rolnego. Programy Transition Facility (Środki Przejściowe) były kontynuacją programów Phare – rozwój instytucjonalny, które miały na celu wzmocnienie administracji oraz wdrożenie prawodawstwa Unii Europejskiej w ciągu trzech lat po akcesji. Przy wykonywaniu zadań pracownicy Fundacji FAPA ściśle współpracowali z beneficjentami tj. przedstawicielami poszczególnych Departamentów i Biur Ministerstwa Rolnictwa i Rozwoju Wsi, Agencji Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa, w tym Sekcji Koordynacji Phare i Współpracy z Zagranicą, Agencji Rynku Rolnego, w tym Biura Współpracy Europejskiej, Głównym Inspektoratem Ochrony Roślin i Nasiennictwa, Głównym Inspektoratem Handlu Artykułami Rolno-Spożywczymi, Głównym Inspektoratem Weterynarii oraz z instytucjami nadzorującymi wdrażanie projektów: Urzędem Komitetu Integracji Europejskiej i Jednostką Finansująco-Kontraktującą.
Projekty Phare i Transition Facility odnosiły się do wzmocnienia instytucjonalnego w następujących obszarach: organizacja rynku rybołówstwa, system doradztwa rolniczego, standardy dla gospodarstw rolnych, rolnictwo ekologiczne, klasyfikacja tusz w systemie EUROP, wdrażanie FADN (Farm Accountancy Data Network), System Informacji Rolniczej, Zintegrowany System Zarządzania i Kontroli (IACS) oraz System Identyfikacji i Rejestracji Zwierząt, system Identyfikacji Działek Rolnych (LPIS),wsparcie administracji weterynaryjnej i fitosanitarno-nasiennej, wzmocnienie instytucji do stosowania mechanizmów Wspólnej Polityki Rolnej i Wspólnej Polityki Rybackiej, przygotowanie instytucji do wdrażania Finansowego Instrumentu Sterowania Rybołówstwa (FIFG), Europejskiego Funduszu Orientacji i Gwarancji Rolnej (EAGGF), rozwój instytucjonalny w zakresie programowania i wdrażania Europejskiego Funduszu Rolnego Rozwoju Obszarów Wiejskich (EFOGR) i Europejskiego Funduszu Rybackiego (IFOR) w latach 2007-2013, wzmocnienie kontroli nad środkami żywienia zwierząt, kontroli jakości rynkowej owoców i warzyw oraz kontroli bezpieczeństwa żywności w zakresie produkcji roślin uprawnych.

Kompleksowe wsparcie formalno-proceduralne Ministerstwa Rolnictwa i Rozwoju Wsi w realizacji Programów Phare 2000, 2001, 2002, 2003 oraz Transition Facility 2004, 2005, 2006 dla wsi i rolnictwa, obejmowało:

• prowadzenie na rzecz MRiRW monitorowania wdrażania projektów;
• opracowywanie i dostosowywanie Standardowych Formularzy Streszczenia Projektu (Fiszki) zgodnie z wymaganiami formalno-proceduralnymi;
• sporządzanie i uaktualnianie Sektorowych Raportów Monitorujących oraz innych raportów, w tym finansowych zgodnie z wymaganiami beneficjentów;
• przygotowywanie dokumentacji przetargowej zgodnie z Ustawą Prawo Zamówień Publicznych, oraz Szczegółowej Fiszy Projektu Twinning Light zgodnie z Instrukcją Twinningową;
• udział w pracach Komisji Przetargowych jako głosujący członek;
• wspieranie działań objętych Kontraktami Bliźniaczymi (Twinning) i Twinning Light.

Ponadto od 1996 r. Fundacja FAPA pełniła funkcję wdrożeniową dla Programów Phare z Memorandum Finansowego 1995, 1996 i 1997 - Rozwój Regionalny, całościowo współfinansowanych kwotą 35,5 mln Euro. Fundacja FAPA została włączona w przygotowanie i realizację programów kapitałowego wsparcia projektów infrastrukturalnych w kontekście szeroko rozumianego rozwoju obszarów wiejskich, jak również doradztwa w opracowaniu strategii regionów i gmin poprzez realizację następujących Programów Rozwoju Regionalnego na Obszarach Wiejskich Phare:

• Program Rozwoju Infrastruktury na Terenach Wiejskich - RAPID (1996 r.-1999 r.),
• Program Strukturalnego Rozwoju Wybranych Regionów - STRUDER 2 (1996 r. -1999 r.),
• Zintegrowany Program Rozwoju Regionalnego - INRED (1997 r.-2000 r.).

Powyższe Programy wspierały inwestycyjnie: budowę dróg, budowę oczyszczalni, budowę wodociągów, budowę kanalizacji, telefonizację i modernizację sieci energetycznej.
W/w programy wymagały opracowania przez gminy strategii rozwoju gminy, która była zgodna ze strategią rozwoju regionu oraz założeniami Programu Phare.

Nadrzędnym celem programu RAPID było zredukowanie socjo-ekonomicznych różnic pomiędzy regionami poprzez wspieranie rozwoju infrastruktury, w szczególności na obszarach wiejskich w wybranych regionach, których socjo-ekonomiczny rozwój pozostawał w tyle w stosunku do średniej krajowej. W dziesięciu dawnych województwach Program RAPID był realizowany do końca 1999 r. Objęto nim sześć województw, które wcześniej uczestniczyły w Programie STRUDER tj. dawne rzeszowskie, łódzkie, katowickie, wałbrzyskie, suwalskie i olsztyńskie, a ponadto dołączone zostały cztery dalsze: piotrkowskie, sieradzkie, nowosądeckie i krośnieńskie.
Dla czterech nowo włączonych województw (dawne krośnieńskie, nowosądeckie, piotrkowskie i sieradzkie) koordynatorem była Fundacja FAPA, która nadzorowała wydatkowanie 5 mln0 EUR na 64 projekty infrastrukturalne.

Celem Programu STRUDER 2, który był kontynuacją programu RAPID, było współfinansowanie małych projektów infrastrukturalnych, realizowanych jako część szerszego programu rozwoju regionalnego i przyczynienie się do restrukturyzacji i rozwoju gmin w wybranych, mniej rozwiniętych regionach Polski. Beneficjantami udzielanej pomocy były instytucje publiczne.
Priorytety realizacji małych projektów infrastrukturalnych współfinansowanych zgodnie z istniejącymi kryteriami Programu STRUDER 2 zostały zidentyfikowane w ramach regionalnych strategii i koncentrowały się na następujących dziedzinach:

• tworzenie udogodnień dla MŚP, np. inkubatory biznesu, centra technologiczne itp.;
• udoskonalenia bezpośrednio związane z rejonami przemysłowymi, np. dostępność do dróg; lokalna telekomunikacja; likwidacja przestarzałych struktur oraz programy niewielkich działań na rzecz ochrony środowiska we wskazanych „terenach rozwoju przemysłu”;
• projekty będące częścią całościowego lokalnego i regionalnego planu rozwoju, które były przeznaczone dla wzmacniania potencjału i infrastruktury turystycznej i danego rejonu;
• projekty będące przyjaznymi dla środowiska.

Fundacja FAPA w ramach Programu STRUDER 2 zarządzała kwotą 1,3 mln EUR przeznaczoną na dofinansowanie 18 projektów infrastrukturalnych i projektów związanych z ochroną środowiska na terenie byłych województw piotrkowskiego, sieradzkiego, krośnieńskiego i nowosądeckiego (obecnie województwa: łódzkie, podkarpackie i małopolskie).

Zintegrowany Program Rozwoju Regionalnego INRED, komponent 02 – „Wsparcie inwestycyjne w regionie Małopolski” był realizowany na terenie 9 byłych województw południowo-wschodniej Polski: Bielsko-Biała, Kielce, Kraków, Krosno, Nowy Sącz, Przemyśl, Rzeszów, Tarnobrzeg i Tarnów (obecnie cztery nowe województwa: małopolskie, podkarpackie, świętokrzyskie i śląskie). Fundacja FAPA zarządzała kwotą 15 mln EUR na realizację 152 projektów infrastrukturalnych.
Regionalne Ośrodki FAPA w Kielcach, Nowym Sączu i Rzeszowie realizowały Programy Rozwoju Regionalnego RAPID, STRUDER 2 i INRED, a dodatkowo Regionalny Ośrodek w Zielonej Górze uczestniczył w realizacji Programu „ODBUDOWA”, łagodzącego skutki powodzi z 1997 r.