W ramach działalności pożyczkowej Fundacja FAPA Polska Izba Bankowości Spółdzielczej, w miarę posiadania na ten cel środków finansowych, będzie kontynuować, prowadzony wcześniej przez Fundację Programów Pomocy dla Rolnictwa FAPA, proces udzielania pożyczek podporządkowanych bankom spółdzielczym. Proces udzielania pożyczek prowadzony jest w oparciu o obowiązujące w Fundacji: Regulamin udzielania pożyczek podporządkowanych Bankom Spółdzielczym ze środków Programu „Fundusz Kapitałowy” .