W Sektorowym Programie Operacyjnym Restrukturyzacja i modernizacja sektora żywnościowego oraz rozwój obszarów wiejskich 2004-2006, Fundacja FAPA pełniła funkcję instytucji wdrażającej dla trzech działań: 1.3 Szkolenia, 1.4 Wsparcie doradztwa rolniczego oraz 2.7 Pilotażowy Program Leader+, dla których limit środków wynosił łącznie niemal 350 mln złotych. 

• W ramach działania Szkoleniarealizowane były projekty mające na celu podwyższenie poziomu wiedzy i umiejętności osób zaangażowanych w działalność rolniczą lub leśną.

Beneficjentami były instytucje lub podmioty (publiczne lub prywatne) prowadzące na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej działalność szkoleniową, osoby fizyczne prowadzące działalność gospodarczą w zakresie działalności szkoleniowej, osoby prawne lub jednostki organizacyjne nieposiadające osobowości prawnej, których celem jest prowadzenie działalności szkoleniowej. W trakcie wdrażania działania przeszkolonych zostało ponad 400 000 osób.

• W ramach działania Wsparcie doradztwa rolniczego, mającego na celu zwiększenie efektywności wykorzystania środków finansowych przeznaczonych na wspieranie rolnictwa oraz jego restrukturyzacji i modernizacji, realizowane były projekty obejmujące świadczenie bezpłatnych usług doradczych na rzecz rolników zainteresowanych uzyskaniem pomocy w ramach Wspólnej Polityki Rolnej, instrumentów towarzyszących WPR oraz Polityki Strukturalnej.

Beneficjentami były instytucje lub podmioty (publiczne lub prywatne) prowadzące na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej działalność z zakresu doradztwa rolniczego lub leśnego, osoby fizyczne prowadzące działalność gospodarczą w zakresie doradztwa

rolniczego lub leśnego, osoby prawne lub jednostki organizacyjne niemające osobowości prawnej, których celem jest prowadzenie działalności z zakresu doradztwa rolniczego lub leśnego. Ogółem zrealizowano ponad 1 260 000 usług doradczych, przygotowano i rozpowszechniono prawie 2,5 mln ulotek doradczych.

• W ramach Pilotażowego Programu Leader +beneficjentami tzw. Schematu I były gminy wiejskie i wiejsko-miejskie, związki międzygminne, osoby prawne: fundacje, stowarzyszenia, związki stowarzyszeń lub inne organizacje pozarządowe posiadające osobowość prawną, zaś Schematu II – Lokalne Grupy Działania.

Fundacja zrealizowała 149 umów z Lokalnymi Grupami Działania, obejmującymi swym zasięgiem obszar ponad 40% powierzchni kraju. Program przygotowywał społeczności wiejskie do realizacji projektów na obszarach wiejskich na zasadzie partnerstwa i aktywnego udziału mieszkańców w ich przygotowywaniu oraz wdrażaniu. W konsekwencji realizacji PPL+ uruchomiona została oś 4 Leader Programu Rozwoju Obszarów Wiejskich.