Sekcja Analiz Ekonomicznych Polityki Rolnej (SAEPR) powstała w 1993 roku, przy wsparciu Banku Światowego i brytyjskiego Know-How Fund. Misją i głównym celem działalności SAEPR było zapewnienie Ministerstwu Rolnictwa i Rozwoju Wsi wsparcia analitycznego w bieżącej działalności dotyczącej kreowania, wdrażania i oceny efektywności polityki rolnej. Zakres przygotowywanych opracowań obejmował wysokiej jakości, obiektywne analizy ekonomiczne o charakterze sektorowym bądź horyzontalnym, dotyczące rolnictwa i obszarów wiejskich, w szczególności w kontekście integracji europejskiej oraz reform Wspólnej Polityki Rolnej. Pracownicy SAEPR stanowili wyspecjalizowany zespół posiadający wykształcenie ekonomiczne oraz długoletnią praktykę analityczną, którą wykorzystywali w bliskiej współpracy z Ministerstwem Rolnictwa i innymi instytucjami z otoczenia rolnictwa. Zespół pracował nad kluczowymi problemami polskiej polityki rolnej i polityki rozwoju obszarów wiejskich.

Ważną rolę sekcja odegrała w procesie negocjacji akcesyjnych pomiędzy Polską a Unią Europejską w zakresie rolnictwa. Eksperci SAEPR/FAPA brali udział w pracach 10 Zespołów Roboczych MRiRW, których celem było określenie stanu przygotowania poszczególnych sektorów gospodarki rolno-żywnościowej w Polsce do integracji z Unią Europejską. Nie tylko dostarczali wyczerpujących analiz co do potencjalnych zysków i strat proponowanych wariantów poziomu dopłat, czy okresów przejściowych w poszczególnych rynkach rolnych, ale dawali także wkład merytoryczny do programów SAPARD
i Sektorowego Programu Operacyjnego „Restrukturyzacja  i modernizacja sektora żywnościowego 2004-2006”.

Sekcja brała udział w sesjach screeningowych w Brukseli, w czasie których miał miejsce przegląd prawodawstwa unijnego, a także polskiego. Prezentowała przedstawicielom Komisji Europejskiej niektóre zagadnienia, dotyczące organizacji rynków rolnych w Polsce oraz harmonogram dostosowań do wymogów unijnych.

W SAEPR/FAPA powstał szereg autorskich opracowań poruszających kluczowe zagadnienia z zakresu integracji polskiego rolnictwa z UE. W szczególności dotyczyły one m.in. szacunków potencjalnych korzyści finansowych z tytułu płatności bezpośrednich, skutków przyjęcia unijnych cen rolnych oraz korzyści z instrumentów towarzyszących WPR i Funduszy Strukturalnych UE, jak również skutków integracji dla całego sektora rolnego i obszarów wiejskich. Opracowano m.in. wpływ wprowadzenia wspólnej organizacji rynków rolnych na sytuację ekonomiczną gospodarstw. Pracownicy SAEPR /FAPA wspierali merytorycznie i koncepcyjnie powstanie systemu dopłat bezpośrednich dla rolników tzw. jednolitej płatności obszarowej.

Jednym z głównych zadań SAEPR było wspieranie Ministerstwa Rolnictwa obiektywnymi analizami ekonomicznymi. Tematyka analiz obejmowała politykę rolną i politykę wobec obszarów wiejskich, wsparcie krajowe dla sektora rolnego , analizy rynków rolnych, dostosowania i skutki akcesji w rolnictwie i na obszarach wiejskich, Wspólną Politykę Rolną i jej reformę, uproszczenie WPR, analizy poszczególnych instrumentów, takich jak płatności bezpośrednie czy elementy interwencji rynkowej. Współpraca SAEPR/FAPA z Ministerstwem Rolnictwa polegała również na przygotowywaniu na zlecenie resortu, opinii i recenzji projektów ustaw oraz opracowań powstałych w innych podmiotach.

Eksperci SAEPR/FAPA uczestniczyli wraz z NBP w przygotowywaniu cyklicznych prognoz dotyczących zmian wskaźników cen detalicznych żywności w Polsce. Zespół współpracował również z innymi instytucjami administracji publicznej, jednostkami naukowymi, organizacjami zajmującymi się problemami rolnictwa i obszarów wiejskich oraz instytucjami Unii Europejskiej.

Sekcja współpracowała z Ministerstwem Rolnictwa przy tworzeniu polskiego stanowiska w reformie europejskiej polityki wobec obszarów wiejskich.

Brała udział w tworzeniu Programu Operacyjnego Rozwój Obszarów Wiejskich na lata 2007-2013. Wykonywała analizy instrumentów z programów na lata 2004-2006.

W roku 2015 SAEPR wykonała ok. 160 różnych opracowań, z których każde wymagało specyficznego podejścia w zakresie zastosowanej metodyki – źródeł i rodzaju danych, metod analizy i wnioskowania, a także formy prezentacji. Wszystkie wykonane przez SAEPR prace były realizowane terminowo i spotkały się z pozytywnym przyjęciem. Sekcja otrzymała również pisemne podziękowania za realizację powierzonych jej zadań przez Departament Współpracy Międzynarodowej MRiRW oraz FAO i OECD.

Znakomita część prac związana była z aktualnymi w 2015 r. potrzebami wsi i rolnictwa, przede wszystkim z trudną sytuacją w rolnictwie ze względu na skutki suszy, kryzysu

w sektorze trzody chlewnej oraz uruchamiania instrumentów wsparcia przewidzianych do realizacji w ramach WPR na lata 2014-2020.

Wśród obszernych opracowań znalazły się z kolei prace takie jak:

• Koncepcja utworzenia klastra innowacyjno-wdrożeniowego z udziałem szkół rolniczych, instytutów badawczych i uczelni wyższych, CDR i ODR oraz innych podmiotów z sektora agrobiznesu;
• Analiza nieprodukcyjnych funkcji drobnych gospodarstw w okresie 2007-2013 oraz perspektywy dla realizacji funkcji społecznych tych gospodarstw w świetle dokumentów strategicznych i programów operacyjnych w nowej perspektywie finansowej;
• Instrumenty wspierające zmianę pokoleniową w rolnictwie w Polsce na tle rozwiązań przyjętych w krajach UE;
• Analiza funkcjonowania samorządowych oraz społeczno-zawodowych organizacji rolników w Niemczech, we Francji i Włoszech.

Do szerokiego spektrum realizowanych przez SAEPR zleceń, w 2015 r. włączono również analizy o charakterze środowiskowym, pośród których znaczącym osiągnięciem zespołu było opracowanie krajowego raportu o stanie bioróżnorodności biologicznej dla wyżywienia i rolnictwa na potrzeby FAO, przygotowanego przy udziale kilkunastu instytucji.

Pracownicy SAEPR/FAPA uczestniczyli w pracach nad polskim komponentem, który stanowił integralną część międzynarodowego modelu AGLINK. Model ten ukazuje m.in. efekty ostatniego rozszerzenia UE oraz skutki reformy WPR.

W ostatnich miesiącach 2016 r. działalność Sekcji Analiz Ekonomicznych Polityki Rolnej związana była w dalszym ciągu ze wsparciem merytorycznym MRiRW. Na zlecenie poszczególnych departamentów MRiRW wykonane zostały prace dotyczące m.in. przygotowania raportu pt. „Zmiany instrumentów krajowej i unijnej polityki rolnej
i rybackiej”. Sekcja brała udział w monitorowaniu i ocenie realizacji Regionalnych Programów Operacyjnych w zakresie wsparcia rozwoju obszarów wiejskich, a także opiniowała dokumenty powstające w MRiRW oraz wspierała merytorycznie departamenty MRiRW poprzez przygotowywanie bieżących konsultacji, uwag, wystąpień oraz wkładów merytorycznych do wybranych publikacji i dokumentów. Działalność Sekcji obejmowała również wsparcie Krajowej Sieci Obszarów Wiejskich.